Trama

Ayato Kamina è uno studente delle superiori che vive nella Tokyo del 2015, in compagnia di sua madre e della sua amica d'infanzia Reika. La sua vita viene improvvisamente stravolta quando un gruppo di agenti governativi cerca di rapirlo e di assassinare Reika. Tuttavia, vengono salvati dalla misteriosa e affascinante Haruka Shito. Haruka rivelerà loro una verità sorprendente che è stata tenuta nascosta: è una spia al servizio di Terra, un'organizzazione che lotta contro i Mu, entità che manipolano gli abitanti di Tokyo isolandoli dal resto del mondo. Inoltre, Ayato scopre di essere l'unico in grado di pilotare Rah-Xephon, un gigantesco robot semi-senziente, oggetto del desiderio sia dei Mu che di Terra. La complessa situazione e la difficoltà nel discernere quale delle due fazioni sia dalla parte giusta lo mettono di fronte a scelte difficili, mentre lui cerca di comprendere a chi affidare la sua lealtà, costringendolo a confrontarsi con il dilemma tra i suoi salvatori e la sua gente.