Sesto albo. Dopo l'arrivo degli Autobot e dei Decepticon sulla Terra, l'organizzazione terroristica Cobra emerge dall'ombra, decisa a sfruttare il potere dell'Energon per dominare il mondo. Per contrastare questa minaccia, il colonnello Conrad Hauser – nome in codice Duke – è chiamato a formare una squadra d'élite: i G.I. Joe. Ma quando il misterioso Cobra Commander scatena il potere dell'Energon sull'umanità, la squadra si troverà a fronteggiare una crisi senza precedenti.