Ambientato a metà tra un mondo mitologico e il Giappone moderno, il manga racconta le vicende di due ragazzi, entrambi di nome Arata, che per una serie di misteriosi motivi si ritrovano a vivere l'uno al posto dell'altro. Pur scambiatisi di posto, i due Arata hanno sempre le stesse sembianze agli occhi degli altri. Accusato ingiustamente di omicidio, l'Arata del mondo fantastico si ritrova nel Giappone moderno, assolutamente impreparato ad affrontare il primo anno di liceo. Dal canto suo, l'Arata di oggi finisce in una realtà fantastica dove divinità ed esseri umani coesistono.