Minato Sahashi ha fallito l’esame per l’accesso al college per due volte, è impacciato con le donne ed è anche disoccupato. Così, capisce che non può continuare a fare affidamento sulla madre e sulla sorella minore con la vita che sta conducendo. In realtà, Minato è estremamente intelligente, eppure la sua incapacità di farcela sotto pressione è causa dei suoi costanti fallimenti. Come risultato, Minato è stato marchiato da molti come un idiota ed eterno perdente. Un giorno, Minato incontra una ragazza chiamata Musubi, che gli cade addosso letteralmente dal cielo. Minato scoprirà di far parte di un gruppo di persone chiamato Ashikabi, esseri umani con geni speciali che permettono loro di fiancheggiare una “sekirei”. Le sekirei sono esseri dai super poteri create dalla misteriosa organizzazione MBI. In forma di belle ragazze dalle forme mozzafiato, le Sekirei combattono in una pericolosa, e alle volte mortale, competizione chiamata “Piano Sekirei”. Con l’intera città di Tokyo come campo di battaglia, le sekirei vanno in cerca di quegli umani destinati a diventare i loro Ashikabi. Minato impara presto che essere il partner di una splendida ragazza non è tutto rose e fiori, specialmente quando scoprirà a sue spese che un Ashikabi può avere a suo fianco più di una sekirei, e sarà allora che inizieranno i veri guai. Ben presto egli si ritroverà non con una, ma ben cinque sekirei, costretto a ingaggiare moltissime battaglie contro altri Ashikabi. L'obiettivo finale del gioco è di sconfiggere tutte le 108 sekirei.