L’agente Bishop ha intrapreso una feroce crociata contro i mutanti, e nessuno è al sicuro! I Mutanimali sono il suo primo bersaglio, ma subito dopo potrebbe toccare alle Tartarughe Ninja! Nessuno e Alopex vorrebbero soltanto rilassarsi e riposarsi un po’, ma si ritroveranno ospiti del Barone Rospo. Intanto, con il Clan del Piede passato sotto il comando di Splinter, Karai ha intrapreso un viaggio in Giappone destinato ad avere conseguenze molto importanti…