Dopo la seconda guerra mondiale, l'organizzazione dei ninja giapponesi, un tempo gloriosa, fu smantellata dal comandante supremo delle forze alleate e scomparve. In realtà, però, i ninja continuano a esistere nell'ombra e si dice che il loro numero arrivi addirittura a 200.000. Alcuni ninja "d'élite" operano in segreto combattendo le battaglie a livello nazionale, mentre quelli in fondo alla scala gerarchica spesso non riescono a trovare lavoro. Tra loro c'è Kuro Kumogakure, che conduce una vita da NEET.