Gli Yoshi vivono pacificamente sull’Isola Uovo, finché un giorno un bebè cade improvvisamente dal cielo: è Baby Mario! Ma perché è tutto solo? Con lui dovrebbe esserci anche il fratellino, Baby Luigi… dov’è finito? Non lo avrà mica rapito Baby Bowser? Yoshi, con in groppa Baby Mario, decide così di partire all’avventura: via, alla ricerca di Luigi!