Le "Fleet of Fog" — la temibile flotta della nebbia — hanno fatto la loro comparsa senza preavviso in ogni angolo del mondo, portando con sé navi da guerra di potenza inaudita. Di fronte a questi armamenti soprannaturali, l'umanità ha ceduto il controllo dei mari, perdendo per sempre la libertà di navigare. Sono trascorsi diciassette anni da quella guerra navale che ha cambiato il destino del pianeta, quando Gunzou Chihaya e il suo equipaggio riescono a conquistare l'I-401, un sottomarino appartenente alla flotta nemica. Grazie ad Iona — il "mental model" dell'I-401, un'androide dotata di coscienza propria — ha inizio la riscossa dell'umanità contro la Flotta della Nebbia.