A causa di un improvviso attacco di origine sconosciuta, l’istituto Takahara è stato gravemente danneggiato. La direttrice, per nulla intenzionata a rinunciare al suo piano, assale Tokio e il suo bambino. Lasciatisi alle spalle la Struttura di Ibaraki, Maru e Kiruko puntano alla prossima meta del loro viaggio a bordo della Kirukomaru 11. Lungo la strada incontreranno ben presto nuovi pericoli, mentre tutti gli elementi della storia cominciano finalmente a collegarsi tra loro.