Gon Freecs è un bambino prodigio dell'isola Balena (isola Kujira) che vive con la nonna e la zia. E' in grado di fare amicizia con tutti gli animali, compresi i più pericolosi, e il suo sogno è quello di diventare cacciatore (hunter), lo stesso lavoro del padre che lo ha abbandonato ancora in fasce. L'esame per diventare cacciatore è severissimo: solo 1 su 10.000 riesce anche solo a raggiungere la sede dell'esame, e dopo varie prove il numero degli ammessi è quasi sempre a una sola cifra. Il motivo per cui Gon vuole diventare cacciatore è duplice: primo ritrovare suo padre, secondo scoprire la bellezza di questo lavoro che ha spinto il padre ad abbandonare suo figlio per non doverlo interrompere. La storia inizia con Gon che riesce a convincere la zia a iscriverlo al pericoloso esame e che lascia l'Isola Balena.