Red Eyes è ambientato in un ipotetico presente dove la Repubblica di Regium e la Federazione di Dragnof si stanno dando battaglia sfoggiando tutti gli armamenti a loro disposizione. Il protagonista principale è Grant Mills, comandante dei “Jackal”, un corpo speciale dotato di SAA (Special Assault Armor, esoscheletri armati pesantemente), al servizio dell'esercito di Regium. "Genocide", così viene chiamato Grant Mills sul campo di battaglia, viene tradito dai suoi stessi compagni nello scontro decisivo che porta così Dragnof alla vittoria della guerra. Successivamente, Mills viene ingiustamente accusato di tradimento e condannato a morte. Il giorno dell'esecuzione riesce a fuggire e a reintegrasi in quel che resta del suo esercito per cominciare una violenta e spietata caccia al responsabile dell'accaduto. Da qui in poi scopriremo i vari complotti che hanno minato il regno di Regium, oltre al passato dei vari membri della squadra dei "Jackal" e del suo comandante che continua a incutere terrore negli animi di chiunque gli si ponga di fronte.